Dyna-4 vaihteisto on vakiona kaikissa MF 5400 sarjan traktoreissa. Dyna-4 tarjoaa MF:n tunnustetun neliportaisen Dynashift pikavaihteiston edut jokaisella neljällä aluevaihteen nopeudella. Neljän pikavaihteen ansiosta voit muuttaa ajonopeutta tarpeen mukaan entistä enemmän vedon katkeamatta. Pikavaihteen lisäksi myös aluevaihde on vaihdettavissa kuormitettuna ilman kytkimen käyttöä.

Kun vaihdat aluevaihdetta, automatiikka valitsee aina sopivimman pikavaihteen traktorin nopeuden suhteen (Speedmatching). Vaihdevivun vieressä on suunnanvaihdon aggressiivisuuden säädin. Kierrettävän kytkimen avulla kuljettaja voi valita portaattomasti sen kuinka aggressiivisesti suunnanvaihto tapahtuu. Näin esimerkiksi kuormainkäytössä suunnanvaihto voidaan säätää toimimaan terävästi, jolloin kuormaus käy joutuisasti. Toisaalta suunnanvaihto saadaan haluttaessa toimimaan erittäin pehmeästi ja silti viiveettä.

Ainutlaatuisella Power Control suunnanvaihtovivulla voidaan paitsi vaihtaa suuntaa ja vaihteita, myös katkaista veto vipua nostamalla. Näin vaihteistoa voidaan hallita täydellisesti myös vasemmalla kädellä, jolloin oikealla kädellä voidaan ohjata esimerkiksi etukuormaajaa.

Valittavana on peräti viisi erilaista ulosottovaihtoehtoa. Vakiovarustuksena on ajovoimansiirrosta riippumaton, 540/1000 r/min nopeuksinen voimanotto, jota voidaan täydentää polttoainetta kevyissä töissä säästävällä nelinopeuksisella säästövoimanotolla.Voimanottonopeus voidaan versiosta riippuen valita joko ohjaamosta tai peräkoteloon sijoitetusta vivusta. Kaikki mallit voidaan varustaa lisäksi ajovoimanotolla.